Para pelajar yang berada di bangku sekolah sekarang ini adalah generasi yang akan membentuk negara pada masa depan mengikut acuan yang kita harapkan. Persekitaran yang tidak memberangsangkan juga menjadi antara faktor permasalahan yang dihadapi dalam pendidikan Islam dewasa ini. Banyak cabaran yang perlu dihadapi dalam merealisasikan pendidikan Islam yang berjaya dan matang. Seterusanya dapat melahirkan pelajar yang bersahsiah tinggi dan terpuji. Perkara ini begitu penting kerana generasi baru inilah yang akan menjadi tenaga bagi merealisasikan kewujudan sebuah negara dan bangsa yang "berdiri sama tinggi, duduk sama rendah" dengan negara-negara maju yang lain tanpa mengorbankan iman atau identiti serta jati diri yang sedia ada.
Antara faktor penggangu dalam pembentukan nilai Islam melalui pendidikan Islam adalah pengaruh media cetak dan elektronik serta kemajuan sains dan teknologi dalam era dunia tanpa sempadan. Selain itu, ia juga telah memburukkan lagi keadaan kerana telah menjadikan anggota masyarakat kita hilang jati diri. Melaluinya, banyak anasir-anasir yang tiada nilai ditayangkan dan dipertontonkan. Pelajar sekarang ini juga lebih banyak terdedah dengan medium tersebut yang menjurumus kepada keburukan berbanding kebaikan. Tambahan pula lambakan bahan picisan yang berunsur gosip, skandal, seks, misteri dan mistik lebih menarik minat dan tumpuan golongan pelajar. Tidak dinafikan bahan picisan tersebut telah melariskan jualan, namun kesannya kepada remaja khasnya pelajar amat membimbangkan.
Selain itu, kemudahan mendapatkan bahan terlarang dan lucah juga mudah didapati dan ianya juga merupakan faktor pengganggu penerapan nilai Islam. Mereka memperolehinya melalui majalah, akhbar dan cakera padat. Bahkan berada dirumah pun mereka mampu melayari laman sesawang berunsur lucah dan tidak beretika ini. Hal ini kerana tiada kawalan yang dapat menghalang mereka mendapatka bahan-bahan tersebut. Faktor persekitaran lain yang mendedahkan remaja dengan pusat-pusat hiburan yang menyediakan pelbagai produk yang boleh menggalakkkan dan meningkatkan rangsangan seksual. Sudah pasti mereka akan mencubanya. Tambahan pula pengaruh muzik yang tidak beretika juga menjerumus kepada nilai tidak normal terutamanya muzik rock dan metal. Lebih-lebih lagi konsert rock yang diimport dari barat bertentangan dengan ajaran Islam dan budaya masyarakat setempat. Namun ianya amat diminati oleh remaja dan juga pelajar. Usia sebegini mudah dipengaruhi oleh anasir yang dominan dan berjaya mencuri tumpuan mereka.
Selanjutnya faktor keluarga juga memainkan peranan dalam mempengaruhi perwatakan pelajar dalam proses pengajaran dan pembelajaran. Pembawaan keluarga remaja itu sendiri seperti kehidupan ibu bapa yang bergelumang dengan maksiat, rumah tangga yang tidak kukuh atau berlaku perceraian, syiar Islam yang tidak kukuh di dalam keluarga, status ekonorni ibu bapa yang rendah dan daif dimana anak membesar di dalam suasana yang terbiar. Terdapat juga ibu bapa yang mementingkan kerjaya atau pekerjaan tanpa menghiraukan kebajikan keluarga. Hal ini dapat merendahkan motivasi pelajar untuk terus belajar dan berjaya. Tambahan lagi kesilapan membimbing, terlampau memanjakan anak-anak, ibu bapa yang takut dengan anak-anak dan terlampau memberi kemewahan juga menjadi faktor penggangu dalam proses tarbiah agama Islam.
Tidak dinafikan juga faktor disiplin akhlak dan disiplin menuntut ilmu juga mempunyai perkaitan yang rapat dengan penerapan nilai Islam. Namun, disiplin sekolah yang longgar merencatkan proses tersebut. Seperti guru yang tidak mengambil tahu masalah yang dihadapi pelajar, ibu bapa yang tidak memberi kerjasama kepada pihak sekolah, dan persekitaran sekolah yang terdedah kepada gejala yang kurang sihat.
Oleh sebab itu, banyak usaha perlu dilaksanakan untuk meningkatkan nilai penguasaan pendidikan Islam dalam mendepani masalah globalisasi yang mengganas. Antara perkara yang paling penting adalah memperbetulkan akidah dan kepercayaan kepada Allah. Jadi pelajar semestinya diterapkan keimanan yang teguh, ketaqwaan yang jitu melalui pengajaran dan pembelajaran pendidikan Islam yang benar-benar meninggalkan kesan kepada pelajar. Ianya menjadi cabaran kepada guru pendidikan Islam dalam proses penerapan tersebut yang menuntut ketabahan dan kekuatan yang mapan. Keimanan yang kukuh sahaja mampu menjadi benteng kepada para pelajar dari terjerumus kelembah kemaksiatan yang menjadi punca kelemahan dan merosotnya nilai Islam di dalam diri pelajar.
Selain itu juga, guru perlu meningkatkan dan memperbanyakkan amali dalam proses pengajaran dan pembelajaran. Tidak hanya mengajar secara teori semata-mata terutamanya amali solat. Tidak dinafikan ramai pelajar yang kurang arif dalam bab hukum hakam solat. Hal ini menyebabkan mereka tidak mempunyai tiang yang utuh untuk menguatkan keimanan mereka. Guru juga perlu menerapkan kepada pelajar supaya tidak memandang enteng kepada ibadah solat dan tidak sesekali meninggalkanya. Selain amali solat wajib, mempraktikkan amali solat sunat juga perlu. Contohnya dengan mengadakan solat malam secara berjemaah dan dalam proses pengajaran dan pembelajaran. Hal ini perlu dilaksanakan dengan amali dan pada waktunya.
Ibu bapa juga memainkan peranan yang penting dalam menyelesaikan masalah pelajar dan masalah tumpuan dalam pembelajaran. Kekuatan kasih sayang dan saling menyayangi perlu diterapkan. Mendisiplinkan anak-anak dengan kasih sayang akan membentuk pelajar yang bersemangat belajar dan mempunyi tumpuan yang baik di dalam kelas. Bahkan pelajar yang berjaya dalam pelajaran dan budi perkerti kebiasaannya dari keluarga yang mementingkan kasih sayang. Selain itu juga, ibu bapa perlu meluangkan masa yang berkualiti untuk anak-anak. Serta sering berkongsi masalah mereka dan mendidik mereka sikap bertanggungjawab dan nilai yang murni. Ibu bapa juga perlu peka dengan pemakanan dan perkembangan mereka. Hal ini amat penting untuk menghindari jiwa anak-anak dari keburukan kemaksiatan dan mudah mempelajari ilmu terutamanya ilmu agama. Oleh yang demikian, pendidikan awal dari rumah amatlah penting untuk menjadikan proses pembelajaran dan pengajaran lebih bermakna serta menjauhkan pelajar dari terjerumus kearah kemodenan tanpa panduan dan sesat.
Oleh yang demikian kerjasama yang erat antara guru dan ibu bapa penting supaya pelajar dapat mencapai penguasaan dan mengamalkan ajaran Islam. Usaha yang bersungguh-sungguh untuk memperkasakan modal insan remaja perlu dijana melalui sistem pendidikan yang terancang dan sistematik kerana negara memerlukan rakyat yang berilmu, berakhlak mulia serta etika kerja yang cemerlang. Mendidik dan membimbing remaja supaya mereka mempunyai sahsiah yang mulia bukanlah suatu kerja yang mudah. Ibu bapa dan para guru dan sesiapa sahaja yang terlibat dengan pengajaran dan pembelajaran remaja Selain itu, perlu melaksanakan tugas tersebut berterusan sehingga mendatangkan hasil dan tidak berputus asa. Oleh kerana itu, memberi pendidikan agama dan akhlak kepada anak-anak sejak dari kecil lagi merupakan suatu tugas dan tanggungjawab yang penting untuk dilaksanakan.